Vágujhelyi Ferenc 1994-ben fizikatanár, majd 1995-ben programozó matematikus végzettséget szerzett az ELTE-n.

Szakmai pályafutását pénzügyi rendszerfejlesztőként és információbiztonsági szakértőként kezdte. 1999-tól 2002-ig az Országos Nyugdíjbiztosítási Főigazgatóság főigazgató-helyettese, 2003-tól 2010-ig a Professzionál Informatikai Zrt. elnök-vezérigazgatója volt. 2010 és 2013 között a NAV szakfőigazgatója, majd 2015-ig informatikai elnökhelyettese volt.

2015 óta a Nemzeti Hírközlési és Informatikai Tanács elnöke, 2018 óta a Blockchain Koalíció elnöke, 2020 óta a Hírközlési és Informatikai Tudományos Egyesület elnöke. 2021 júliusa óta vezeti a Nemzeti Adó- és Vámhivatalt. 2022 májusa óta a Magyar Államkincstár és a Nemzeti Adó- és Vámhivatal adatvagyonának optimalizálásáért felelős kormánybiztos, 2022 óta a Magyar Pénzügyi – Gazdasági Ellenőrök Egyesületének elnökhelyettese.

Számos tudományos publikáció szerzője, fő kutatási területe az elektronikus azonosítás és hitelesség, valamint a blockchain-technológia alkalmazási lehetőségeinek vizsgálata a közigazgatásban. Több, az információtechnológiával összefüggő szabadalom tulajdonosa.